개발부담금 부과 후 세무조사 병행 시 반드시 확인해야 할 5가지 핵심 포인트
최근 부동산·개발사업 관련 세무조사가 한층 강화되고 있습니다. 특히 개발부담금 부과 이후 세무조사가 병행되는 사례가 급증하면서 많은 사업자분들이 세무 리스크에 노출되고 있습니다. 개발부담금은 행정법적 부담금이지만, 이와 별개로 국세청은 개발사업 전반의 회계 및 세무 자료를 연계 조사하며 소득세·법인세 탈루 가능성을 들여다보고 있습니다.
그 결과, 동일 소득에 대해 이중 과세 또는 중복 추징이 발생하거나, 심각한 경우 조세포탈 형사사건으로 비화될 수도 있습니다.
이번 글에서는 벨리프 법률사무소가 개발부담금 및 세무조사 분야에서 수많은 실무를 수행하면서 정리한 실질적 핵심 체크포인트를 안내드립니다.
1. 개발부담금 부과와 세무조사의 연결 구조 이해하기
개발부담금은 「개발이익 환수에 관한 법률」에 근거하여 부과됩니다. 지자체가 부과권자이며, 납부 대상자는 개발사업 시행자입니다.
여기서 중요한 점은 개발부담금 산정 과정에서 지자체가 개발비용 및 개발이익 산출을 위해 제출받는 대규모 회계자료가 모두 보관된다는 점입니다.
이후 이 자료가 국세청에 공유될 경우,
- 사업용 토지 매각대금
- 공사비 및 개발비용 계상자료
- 수익인식 시점
- 차입금 및 이자비용
등의 상세 자료가 소득세·법인세 과세자료로 활용됩니다.
일부 지자체와 국세청은 실무상 협업 체계를 구축하여, 개발부담금 산정 내역을 세무조사 착수 전 기초자료로 삼고 있는 실정입니다.
2. 세무조사 병행 시 이중 과세로 이어질 수 있는 주요 위험
가장 빈번한 문제가 바로 이중 과세 리스크입니다.
예를 들어,
- 개발부담금 부과 시 개발비용으로 산정하여 부담금을 줄였지만,
- 국세청은 이 개발비용 중 일부를 법인세·소득세 신고에서 필요경비로 인정하지 않거나,
- 허위·과다계상으로 판단하여 과세표준에서 배제합니다.
이 경우 실질적으로 동일한 개발이익에 대해 개발부담금과 법인세를 중복으로 납부하게 되는 결과가 발생합니다.
대표적 사례:
- 용역비 허위 계상
실제 용역이 이루어지지 않았음에도 개발부담금 산정을 줄이기 위해 개발비용에 포함시킨 경우 - 개발비용 편법 이전
관련 당사자간 허위 계약서를 만들어 비용을 부풀린 경우 - 개발사업 수익 발생시점 오류
수익 인식 시점이 세법상 기준과 어긋나 추징되는 경우
실질과세 원칙에 따라 국세청은 개발사업 수익을 포괄적 소득으로 다시 평가하기 때문에, 자료 간 불일치가 있으면 이중 과세 리스크가 매우 큽니다.
3. 개발비용 산정 자료의 일관성 유지가 필수인 이유
개발부담금 및 세무조사 대응에서 핵심 방어자료는 '개발비용 산정 근거자료'입니다.
다음 자료들의 일관성을 반드시 확보해야 합니다:
- 공사비 내역서 (실제 계약서와 일치해야 함)
- 용역계약서 (업무 내용·범위·대가 현실성 검토)
- 세금계산서 (실제 거래 여부 확인)
- 자금조달내역서 (자금흐름 추적 가능성 확인)
- 인허가서류 및 각종 공문 (공사 진행 일정 일치 여부)
실제 세무조사에서 거래처 확인조사, 소명요구서 발송, 상대방 거래처 소명 요구 등이 이어지며, 허위 거래가 적발되면 고의성 판단의 근거가 됩니다.
4. 불성실 신고 가산세 및 부당세금 추징 리스크
개발부담금 산정 과정에서 발생한 개발비용 허위 계상 자료가 세무조사 시 적발되면 불성실 신고 가산세가 부과될 수 있습니다.
※ 불성실 신고 가산세 주요 적용 사례
| 과소신고 | 산출세액의 10~40% |
| 고의적 탈루 | 40% 중과 |
| 허위 세금계산서 수취 | 세액의 2배까지 가능 |
또한 국세청은 납세자의 고의성·반복성·조직성 여부에 따라 조세범처벌법상 조세포탈죄 고발 여부를 결정합니다.
5. 조세범처벌법상 형사처벌로 비화될 수 있는 경우
다음과 같은 사안은 조세범처벌법 제3조 조세포탈죄로 수사 및 형사처벌로 전환될 수 있습니다:
- 실제 공사와 무관한 허위 외주용역 계약 체결
- 차명계좌 활용하여 거래 대금 흐름 위장
- 명의 대여를 통한 자금 순환 거래
- 이중 회계장부 작성 및 이익 축소
실제로 대법원은 "개발부담금 산정을 회피하기 위해 허위의 용역비를 계상하고 이를 세법상 필요경비로 신고한 경우, 조세포탈죄가 성립된다"고 판시한 바 있습니다. (대법원 2017.10.12. 선고)
이러한 형사 리스크는 초기 대응 실패 시 수년간 수사 및 재판으로 이어지므로 사전적 방어 전략이 필수적입니다.
6. 벨리프 법률사무소가 안내하는 실무적 대응전략
✅ 첫째, 개발부담금 산정 단계부터 법률·세무 협업 대응
- 개발비용 산정 전 회계처리 자문
- 증빙자료 일관성 확보
- 장래 세무조사 대비 문서 준비
✅ 둘째, 세무조사 착수 전 선제적 내부 검토
- 국세청 세무조사 대상 선정 신호 사전 파악
- 주요 증빙 취약점 사전 점검
✅ 셋째, 조사 중 핵심 대응논리 구성
- 개발이익 계산의 합리성 강조
- 실질거래 입증자료 정비
- 고의성 부인 논리 확보
✅ 넷째, 형사전환 리스크 방어체계 구축
- 조사 초기 변호사 참여 통한 진술관리
- 조세범처벌법 위반 성립요건 차단 논리 제시
결론 : 개발부담금과 세무조사는 완전히 별개가 아닙니다.
개발부담금 부과와 세무조사는 실질적으로 긴밀히 연결됩니다. 단순히 행정 대응이나 세무대리로는 한계가 있으며, 실질적인 법률전문가 개입이 반드시 필요한 이유가 여기에 있습니다.
벨리프 법률사무소는 개발부담금, 세무조사, 이중과세 대응, 조세범처벌법 방어 등 복합 사건을 다수 수행한 실전 경험을 바탕으로 통합적 대응 솔루션을 제공합니다.
조기에 대응을 시작할수록 방어 논리를 확보할 여지가 크고, 사후 구제보다는 선제적 대응이 가장 확실한 리스크 관리입니다.
지금 바로 법률·세무 통합 상담으로 예방적 리스크 점검을 받으시길 추천드립니다.
상담문의 : 02-6482-3392
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책임변호사 : 최명수
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